武汉水运工程学院就是武汉理工大学余家头校区，武汉水运工程学院最早的前身为1946年1月于武昌下新河创办的国立海事职业学校，1957年1月改为武汉水运工程学院。1965年武汉水运工程学院本部从下新河迁余家头。1993年11月，更名为武汉交通科技大学。1998年，部分学科通过211工程预审，2000年5月27日，武汉交通科技大学和武汉工业大学及武汉汽车工业大学合并组建武汉理工大学，原武汉交通科技大学以滚动发展形式跨入211工程建设序列。