昌平卫校始建于1973年。1986年经北京市政府批准、投资，单独建立校址，正式成为北京市中等专业学校之一，办学规模为640人。昌平卫校经过不断地发展扩大，现已成为集普通中专、成人大、中专教育和昌平区在职医务人员继续教育基地为一体的中等职业学校。 根据北京市政府2005年制定的中大力发职业教育、建设社会主义新农村、把发展社区及农村医疗卫生工作作为今后发展的重点的指示精神，昌平卫校自2006年以来，彻底整顿校园秩序，提升现代化管理的能力，整治校园环境，完善基础设施建设，借以适应新时期的要求。