南平农业学校创建于1951年，1969年因“文革”被迫停办，1975年11月复办。1994年在南平市属中专校中率先被福建省政府确认为省(部)级重点普通中专，1999年以国家级重点中专达标分值，再次被福建省政府确认为省(部)级重点普通中专。2002年12月被评为省文明学校。