南京工程高等职业学校始建于1956年，2002年由江苏省地质矿产厅划归江苏省教育厅管辖。次年，由普通中等职业学校升格为全日制高等职业学校，同时增挂江苏联合职业技术学院南京工程分院，是南京地区唯一一所隶属于江苏省教育厅的公办的五年一贯制高等职业学校。